１９３７年１２月１３日，旧国府南京失陷，同日，抗日英烈、南京保卫战司令长官肖山令中将为国捐躯。肖先生阵亡之后，南京宣告沦陷，震惊中外的南京大屠杀开始了，３０万同胞惨死在日寇铁蹄之下。
　　１９３７年７月７日，日军在卢沟桥发动了蓄谋已久的全面侵华战争，８月１３日又大举进攻上海，国民政府被迫全面抗战，一场全民族的抗日战争展开了。南京之役是抗日伊始继上海大战之后的第二大保卫战。
　　１１月华东重镇上海失守，日军气焰十分嚣张，接而攻陷杭州、嘉兴、苏州、芜湖，然后兵分三路直逼南京。这时国民政府已西迁重庆，多数要员携金带妾仓皇出逃。在此寇军压境，兵临城下，风雨飘摇，危急存亡之秋，肖山令先生被委以多头重任：
　　七七事变前肖于１９３７年３月由宪兵参谋长晋升为宪兵副司令；上海失陷，南京之役前，国民党宪兵司令兼南京警备司令、防空司令的谷正伦，因病被接到武汉就医，“三司令”之职务交由肖将军全权代理；１０月底宁、沪告急，首都卫戍军司令长官唐生智，以肖久历戎武，素通军事，委为卫戍军副长官，１２月６日司令长官唐生智奉蒋介石电令自行脱险，提前转进，肖又全权代理卫戍部司令长官之职；１０月２０日蒋介石西迁重庆，授受肖兼首都警察厅长；当南京市长马俊超临危逃逸之后，肖又奉命兼任市长；另外还兼任渡江司令。身兼七职，可谓受命于败军之际，奉命于危难之时，固守南京的千秋重任，落在肖山令一人肩上。
　　南京保卫战于１１月１８日交战１２月１３日沦陷，历时２６个昼夜。南京守军有肖司令直属的精锐宪兵部队１万多人以及２个直属陆军师和工兵部队约３万余人，连同临时划归指挥的卫戍部所属正规军共１５万人。
　　战争初期，日军兵分三路已对南京进行了大包围，一部分兵力进据芜湖，断绝我军后路；一部分兵力偷渡长江，袭击我军侧翼；正面主力已攻陷句容，占领汤山、淳化、牛首山、大胜关，直逼紫金山、大教场、雨花台等地。
　　１１月２６日战火迫近南京城下，守城部队已全线接火交战，当时宪兵部队主要负责防区有清凉山防区，包括草场门、定准门、老虎洞一带，布有二个宪兵团和一个重机枪营，令罗友胜统一指挥；明故宫防区，布有二个宪兵团一个重机枪连，令陈烈林指挥。日军在上述防区，遇到了集中火力的顽强抵抗，死尸遍地、不敢长驱直入。经过１０多天苦战，战事空前激烈，全线10余万守军，同仇敌忾，英勇杀敌。日军死伤惨重。我守军因装备落后，且孤军背水，援军无望，守军多系蒋军嫡系、各自为战、不尽协同，士卒虽然英勇，但牺牲惨重，南京形势，芨芨可危。
　　１２月８日晚，同乡部属陈楫川，来访肖山令将军“帐下”，劝他审时度势，以策安全。肖沉思良久，毅然答道：“我肖某受命全权拱卫首都，防守无方无以对父老；杀敌不力，俯首称臣，有何面目见江东。我决心留守，与金陵共存亡”。 更多：https://www.bmcx.com/
　　１２月９日７时许，日军攻破光华门，占领航空学校，继而向通济门攻击，肖将军下令缩短防线，集中兵力，退守到淮清河、逸仙桥一带，顽强抵抗杀敌。９日晚，清凉山军情告急，为破坏水西门外桥梁，阻挡日军野炮部队，肖将军下令宪兵部队增援陆军师，和突入光华门的日军展开肉搏战，使日军前锋部队伤亡惨重。
　　１２月１２日拂晓，日军占据孝陵卫、雨花台等地后，从通济门、中华门、水西门等处进击城区，日军以长程大炮和装甲部队为前导我军死伤枕藉、惨不忍睹，各线阵地，先后陷落，电讯中断，一片混乱。
　　１２月１２日中午，顾祝同传达了蒋介石“守军全部突围”命令，肖将军令长官部下达了多向突围部署，规定长官公署、直属队、宪兵团、３６师从下关渡江外，其余军团各有突围方向。突围命令下达后，除８３军执行命令，按指定路线，绕栖霞山敌军间隙突围成功外，其余６６军、７４军、８７师、８８师等均夺路拥向下关，数万军民争相渡江逃命，浩浩长江，一泻滔滔，天寒水冷，苦渡无舟。肖将军急令各部撤房扎木筏渡江，但人多舟少，直到１３日晨，仍有２／３的部队无法渡江，等待渡江的民众还有１万多人。
　　１３日７时许，日军骑兵数千人与水路海军逼近江边，水陆夹击我撤退军民。肖将军率部奋勇厮杀，大声疾呼：“杀身成仁，今日是也。”日寇纷纷倒地，战斗进入白热化，近距离冲锋肉搏，血战达５小时后，终因孤军背水、弹尽援绝，江边官兵无一生还。肖山令将军大义凛然、气壮山河，遂举枪自杀殉国，当时年仅４６岁。事后曾派员到江边寻找忠骸，可惜未曾找到。肖山令殉国的噩耗传开，国人肃穆，老少含悲，赞佩他是民族精英、抗日英烈，竭奋了全民抗日决心，他的孤忠伟志永垂青史。
　　事后，国民政府追赠肖山令为陆军中将，并对其遗属予以优厚抚恤。光复后，在南京雨花台抗日军人忠烈碑上刻名以纪念之。
　　鉴于肖先生是在第二次国共合作时期，为南京保卫战而牺牲，中华人民共和国民政部追认为革命烈士，并于１９８４年７月２１日以湘字第７８３３０号，颁发了革命烈士证明书。上面写道，肖山令先生在抗日战斗中壮烈牺牲，经批准为革命烈士，特发此证以资褒扬。